Trường Đại học Cần Thơ có trên 30.000 sinh viên hệ chính quy đang học tại các khoa, viện, bộ môn và hàng chục nghìn sinh viên đang học các hệ đào tạo khác của trường. Cùng với sự phát triển của nhà trường, tổ chức Đoàn - Hội cũng đạt được những bước về quy mô và chất lượng hoạt động.

Hội sinh viên trường là đơn vị trực thuộc Hội sinh viên Thành phố Cần Thơ, hiện có hơn 15.000 Hội viên (năm 2024) sinh hoạt tại các Liên chi hội sinh viên, Câu lạc bộ, Đội nhóm trực thuộc. Có một điểm đặc biệt trong cơ cấu tổ chức Hội sinh viên tại Đại học Cần Thơ là mô hình các Liên chi hội sinh viên theo 13 tỉnh thành khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, gồm có:
1. Liên chi hội sinh viên Long An
2. Liên chi hội sinh viên Tiền Giang
3. Liên chi hội sinh viên Đồng Tháp
4. Liên chi hội sinh viên Bến Tre
5. Liên chi hội sinh viên Vĩnh Long
6. Liên chi hội sinh viên Trà Vinh
7. Liên chi hội sinh viên An Giang
8. Liên chi hội sinh viên Cần Thơ
9. Liên chi hội sinh viên Hậu Giang
10. Liên chi hội sinh viên Sóc Trăng
11. Liên chi hội sinh viên Bạc Liêu
12. Liên chi hội sinh viên Cà Mau
13. Liên chi hội sinh viên Kiên Giang
Các Câu lạc bộ, đội nhóm trực thuộc:
1. Đội Công tác xã hội
2. Câu lạc bộ Bốn phương
3. Câu lạc bộ Hiến máu tình nguyện
4. Câu lạc bộ Môi trường
5 .Câu lạc bộ Tương lai xanh Cần Thơ
6. Câu lạc bộ Tiếng Anh
7. Câu lạc bộ Chạy bộ
8. Câu lạc bộ Võ cổ truyền
9. Câu lạc bộ Sinh viên 5 tốt

Ngoài các đơn vị Hội tại TP Cần Thơ, Hội sinh viên trường Đại học Cần Thơ còn có các Chi hội sinh viên tại Khoa Phát triển nông thôn - Khu Hòa An, tập hợp sinh viên của các tỉnh, thành ĐBSCL thuộc Liên chi hội sinh viên tương ứng tại Cần Thơ.